El recorrido comienza con las salas de exposición, donde se narra la historia de seiscientos años del hospital desde sus orígenes a través de artefactos y obras de arte, incluyendo retratos de personajes ilustres que contribuyeron a la fundación y la evolución de la institución.

Los protagonistas de la historia son los «nocentini», las niñas y los niños de diversas edades que fueron acogidos por el hospital. Podemos verlos retratados en actividades cotidianas en la Matanza de los Inocentes, o escondidos debajo la gran manta de la Virgen de los Inocentes: los bebés aún en mantillas son sostenidos por niños que visten túnicas blancas, mientras que los más grandes, vestidos de negro, tienen la imagen del putto en mantillas cosida en la sotana, lo que indica que pertenecen a la gran familia de los Innocenti.

Las niñas y los niños dejados en el hospital eran depositados en la Pila, una especie de pila de agua bendita colocada inicialmente en el exterior en la logia de la fachada y, en un segundo momento, en el interior, en una pequeña ventana que comunicaba con la logia de entrada.

La atención con la cual cada niño fue acogido es perceptible en el Pesebre en terracota: los recién nacidos dejados en el Spedale se colocaban entre las figuras de María y José, tomando simbólicamente el lugar del Niño Jesús.