El Museo se encuentra en el complejo monumental diseñado por Filippo Brunelleschi, sede del Istituto degli Innocenti del que forma parte el Museo. Creado para exponer las obras de arte del antiguo Spedale, gran centro de acogida para niños, el Museo se ha transformado en un recorrido que permite descubrir un patrimonio cultural único en el mundo ya que está profundamente vinculado a la actividad realizada en favor de los niños que no pudieron ser criados por sus familias de origen. El recorrido se articula entre arte, historia y arquitectura, componiendo una historia que une el pasado y el presente del Istituto degli Innocenti, comprometido con la promoción de los derechos de los niños desde hace seis siglos. La unidad entre obras, arquitectura y memoria documental atestigua una historia nunca interrumpida de acogida y ayuda a los niños y las familias: una continuidad entre el antiguo Spedale y el Istituto, hoy Empresa pública de Servicios Personales —Azienda pubblica di Servizi alla Persona (ASP)— comprometida a promover los derechos de la infancia y la adolescencia a partir de la gestión de servicios educativos y de acogida y actividades de formación, investigación, documentación.