La société de l’Arte della Seta (L’Art de la Soie) a été chargée de construire l'hôpital de Santa Maria degli Innocenti à partir d'un don de mille florins, destiné par le marchand Francesco Datini pour créer un refuge pour les enfants abandonnés. En 1419, l'Arte della Seta confia la conception du bâtiment à Filippo Brunelleschi. 

L'hôpital (appelé aussi Spedale à l'époque) fut inauguré le 5 février 1445 avec l'entrée de la première nouveau-née, qui reçut le nom d'Agata Smeralda, en l'honneur de la sainte du jour.

La structure offrait l'hospitalité aux enfants laissés anonymement à l'entrée. A leur arrivée, ils étaient confiés à des « infirmières de maison » puis livrés à des infirmières de campagne, payées pour les allaiter. Après le sevrage, certains d'entre eux sont restés dans la nouvelle famille, d'autres sont retournés chez les Innocenti.

Les garçons recevaient une éducation de base puis ils étaient ensuite envoyés dans les magasins pour apprendre un métier. De 1552 à 1580, le prieur Vincenzo Borghini a réalisé un projet pédagogique novateur pour eux qui comprenait l'étude de la musique et de la peinture, ainsi que l'enseignement de l'abaque.

En savoir plus : Chemin Historique

Les filles, qui venaient juste d’apprendre à lire et à écrire, ont reçu une formation pour apprendre à coudre et à tisser. Elles allaient souvent travailler dans des familles pour se constituer une dot à partir de leur salaire. Au XVIIe siècle, un local équipé de métiers à tisser a été créé pour permettre aux filles de travailler à l'intérieur de la maison.

En 1770, les Arts furent abolis avec la cessation conséquente du mécénat de l'Art de la Soie.

En 1875, le système d'entrée anonyme a été aboli.

En 1890, l'hôpital devient un Établissement Public d'Assistance et de Charité (IPAB).

Actuellement, l'accueil résidentielle offerte par gli Innocenti est composée de quatre communautés à l'intérieur du siège historique au centre de Florence : Casa Bambini, Casa Madri, Casa Rondini et Nuova Casa Rondini, des lieux qui offrent des réponses aux situations de difficultés en lien étroit avec les services sociaux, la justice ordinaire et juvénile, les corps de police judiciaire, les autorités sanitaires locales.

L'Institut abrite également trois crèches et un centre de continuité pédagogique 0-6 ans.

En 2006, la Bottega dei Ragazzi est née, une section éducative du Museo degli Innocenti. Chaque année, la Bottega propose des ateliers pédagogiques créatifs dont le but est d'enseigner le langage des arts en relation avec notre patrimoine artistique. L'utilisation de stratégies d'enseignement gagnantes et de supports numériques permettent d'apprendre en jouant, faisant de tous les participants des protagonistes actifs.

Depuis 1988, il abrite le Bureau de recherche de l'UNICEF - Innocenti et la Bibliothèque Innocenti "Alfredo Carlo Moro" spécialisée dans les droits des enfants et des adolescents.