En 1770, les Arts furent abolis avec la cessation conséquente du mécénat de l'Art de la Soie.
En 1875, le système d'entrée anonyme a été aboli.
En 1890, l'hôpital devient un Établissement Public d'Assistance et de Charité (IPAB).
Actuellement, l'accueil résidentielle offerte par gli Innocenti est composée de quatre communautés à l'intérieur du siège historique au centre de Florence : Casa Bambini, Casa Madri, Casa Rondini et Nuova Casa Rondini, des lieux qui offrent des réponses aux situations de difficultés en lien étroit avec les services sociaux, la justice ordinaire et juvénile, les corps de police judiciaire, les autorités sanitaires locales.
L'Institut abrite également trois crèches et un centre de continuité pédagogique 0-6 ans.
En 2006, la Bottega dei Ragazzi est née, une section éducative du Museo degli Innocenti. Chaque année, la Bottega propose des ateliers pédagogiques créatifs dont le but est d'enseigner le langage des arts en relation avec notre patrimoine artistique. L'utilisation de stratégies d'enseignement gagnantes et de supports numériques permettent d'apprendre en jouant, faisant de tous les participants des protagonistes actifs.
Depuis 1988, il abrite le Bureau de recherche de l'UNICEF - Innocenti et la Bibliothèque Innocenti "Alfredo Carlo Moro" spécialisée dans les droits des enfants et des adolescents.