All’architettura è dedicato uno dei percorsi del Museo degli Innocenti, che racconta l’evoluzione del complesso monumentale e delle funzioni svolte nei diversi spazi. II percorso comprende il Loggiato di facciata e i cortili monumentali: Cortile degli uomini e Cortile delle donne, che rappresentano da sempre il cuore dell’istituzione, ambienti oggi conosciuti per la loro bellezza ma che per secoli sono stati luoghi di vita di nocentine e nocentini e sono ancora oggi vissuti quotidianamente da centinaia di bambini che frequentano i servizi educativi offerti dagli Innocenti. La lunga storia degli Innocenti inizia nel 1419, con la costruzione del loggiato e dei due ambienti simmetrici della chiesa e dell’abituro dei fanciulli, su progetto di Filippo Brunelleschi che ne seguì direttamente la realizzazione fino al 1427. Per il primo grande ospedale dedicato unicamente all’assistenza dei bambini abbandonati, Brunelleschi usò un nuovo linguaggio architettonico, semplice e austero, dando il via all’architettura rinascimentale. L’edificio presenta colonne e arcate a tutto sesto, che si ispirano all’architettura classica, le cui dimensioni sono collegate tra loro da formule matematiche. L’impianto originale di Brunelleschi prevedeva che nel Cortile degli uomini sopra le arcate ci fosse un semplice tetto a spiovente. Dal 1470 sopra le colonne venne invece realizzata la galleria finestrata che nel 1590 fu decorata con lo stemma dell’Arte della Seta patrona dell’Ospedale (la Porta) e i simboli (il Gallo e la Scala) degli antichi ospedali di San Gallo e Santa Maria della Scala, che tra ‘400 e ‘500 furono riuniti agli Innocenti. Elemento di mediazione tra l’interno e la piazza della Santissima Annunziata è il loggiato che si estende su tutta la lunghezza dell’edificio e rappresenta la grande novità proposta da Brunelleschi per la facciata dell’ospedale. Un’idea architettonica tanto forte da influenzare il successivo sviluppo della piazza dove oggi vediamo il loggiato dei Serviti realizzato di fronte agli Innocenti nel ‘500 e il loggiato della Santissima Annunziata, completato nei primissimi anni del ‘600. Anche in questo caso il progetto brunelleschiano fu più volte modificato. Nel 1440 Francesco della Luna rialzò la facciata di un piano, creando l’ambiente in cui oggi è ospitata la Galleria del Museo. Nel 1487 sopra le colonne vennero aggiunti i Putti in fasce in terracotta invetriata di Andrea della Robbia. Quando nel 1445 gli Innocenti iniziarono ufficialmente la propria attività di accoglienza, i bambini venivano affidati all’ospedale lasciandoli in una conca di pietra chiamata ‘pila’, inizialmente posizionata nella zona del loggiato davanti all’attuale Salone Brunelleschi. Nel ‘500 la ‘pila’ venne incassata all’interno di una finestra a cui fu aggiunta una grata per consentire di lasciare solo neonati, gli unici che l’Ospedale degli Innocenti accoglieva, mentre i bambini più grandi erano affidati ad altre istituzioni della città. Nel 1660, la ‘finestra ferrata’ venne definitivamente spostata nel luogo in cui si trova ora. Nel 1439 Francesco della Luna completò il secondo cortile, detto delle Donne, intorno a cui vennero organizzati gli spazi di vita quotidiana della comunità femminile. Sopra il cortile venne realizzata nel 1493 una terrazza coperta, il Verone, usata come stenditoio per asciugare i panni e le fasce che ogni giorno venivano lavati. L’uso di questo spazio come stenditoio si protrasse fino al 1895, anno in cui venne utilizzato come terrazza di svago per le balie e i bambini, a seguito della realizzazione di un nuovo asciugatoio a vapore sopra la galleria di facciata. Il Verone è parte del percorso museale e ospita il Caffè del Verone.

Il terzo livello del Museo accoglie la sezione arte, ospitata in luoghi utilizzati in passato per accogliere bambini e balie, presenta la parte più rilevante del patrimonio artistico conservato dagli Innocenti, e mette bene in evidenza il ruolo assegnato all’arte in tutta la storia dell’istituzione. Nella galleria sono esposte in ordine cronologico le opere di maggiore importanza di tutto il Museo, tra cui spiccano quelle di Sandro Botticelli, Domenico Ghirlandaio, Bartolomeo di Giovanni, Piero di Cosimo, Neri di Bicci, Luca della Robbia, Giovanni del Biondo. Nel Coretto delle balie è ospitata la sezione dedicata alla religiosità e ai luoghi di culto all’interno dell’istituzione. La collezione unisce opere di committenze dirette, altre di provenienza ignota, insieme a eredità di diverse istituzioni assistenziali come il nucleo delle opere che viene dall’Ospizio di Orbatello (il trittico di Giovanni del Biondo, il trittico di Giovanni di Francesco Toscani e la pala di David Ghirlandaio) in via della Pergola a Firenze, prima rifugio per anziane e vedove con figli piccoli e poi ricovero per le ‘gravide occulte’, che dovevano nascondere la maternità e avevano bisogno di un luogo sicuro in cui attendere il parto. Tra i pezzi più significativi della collezione si trova la Madonna col Bambino e un angelo di Sandro Botticelli. Il dipinto - ispirato alla celebre Madonna col Bambino di Filippo Lippi – è nel patrimonio dell’Ospedale da metà Ottocento. Di notevole importanza anche la Madonna col Bambino di Luca della Robbia, realizzata intorno al 1445, anno in cui l’istituzione inizia ufficialmente a operare: la scultura doveva ornare un altare laterale della piccola chiesa privata riservata alla comunità femminile e essere oggetto di particolare venerazione da parte delle fanciulle e delle balie. È nella sala finale che sono raccolte le opere più prestigiose dell’Istituto degli Innocenti, riproposte secondo l’originale posizionamento sugli altari quattrocenteschi, l’Adorazione dei Magi di Domenico Ghirlandaio, così ricca di significati identitari da essere mantenuta nel luogo più importante della chiesa per molti secoli e le sette storie della predella di Bartolomeo di Giovanni giovane e assiduo collaboratore della bottega dei Ghirlandaio. Sulla sinistra è collocata l’opera di Piero di Cosimo, Madonna col Bambino in trono e i santi e a destra l’Incoronazione di Neri di Bicci. Tra le altre opere esposte si ricordano la Madonna in trono col Bambino e angeli, venerata dalle nocentine del Poppi, opera legata alla comunità femminile dell’Ospedale dove sono raffigurate ai piedi della Vergine delle bambine, fanciulle, ragazze e donne anziane, che danno un volto ai diversi ruoli presenti nell’Ospedale, e lo splendido Crocifisso ligneo trecentesco, recuperato grazie a un recente restauro.